Pastoral mahasiswa adalah pelayanan pastoral secara khusus kepada mahasiswa Katolik. Pada awalnya, pastoral mahasiswa di KAJ pernah disebut sebagai Paroki Mahasiswa. Tapi mengingat pelayanan untuk mahasiswa tidak meliputi aspek-aspek administratif layaknya sebuah paroki, Uskup Agung Jakarta, Kardinal Julius Darmaatmadja, SJ, menyatakan bahwa pelayanan untuk mahasiswa disebut pelayanan Pastoral Mahasiswa Keuskupan Agung Jakarta (PMKAJ).
Secara struktural, PMKAJ berada di bawah Vikaris Episcopalis (Vikep) Kategorial KAJ yang secara khusus memperhatikan pelayanan Gereja kepada kelompok-kelompok kategorial yang tidak berbasis paroki/teritorial. Mengingat wilayah jangkauan dan jumlah kampus di KAJ, maka Uskup menetapkan 5 satuan/unit layanan PMKAJ yang terdiri dari PMKAJ Unit Tengah, Unit Barat, Unit Timur, Unit Selatan, dan Pastoran Unika Atmajaya Jakarta.